Der Glaschemiker Otto SCHOTT (1851-1935) gründete das Unternehmen zusammen mit Ernst Abbe, Carl und Roderich Zeiss 1884 in Jena als Glastechnisches Laboratorium SCHOTT & Genossen. Otto SCHOTT gilt als Wegbereiter der modernen Glas Wissenschaft und Glastechnologie.
Bei einer internationalen Optik-Ausstellung in London 1876 stellte der Physiker Ernst Abbe fest: Der Weiterentwicklung des Mikroskops sind enge Grenzen gesetzt, wenn es nicht gelingt, völlig neuartige Gläser mit wesentlich verbesserten optischen Eigenschaften zu erschmelzen. Abbe lehrte damals an der Universität Jena und war zugleich stiller Teilhaber der Optischen Werkstätte von Carl Zeiss, die Mikroskope und andere optische Geräte herstellte. Einige Jahre später stellte sich der junge Glaschemiker Otto SCHOTT aus Witten in Westfalen der von Abbe formulierten Herausforderung. 1879 begann er systematische Schmelzversuche und nahm Kontakt zu Ernst Abbe auf. Daraus entstand eine äußerst fruchtbare Zusammenarbeit, die 1884 in die Gründung des Glastechnischen Laboratoriums SCHOTT & Genossen in Jena mündete. Otto SCHOTT entwickelte für seine Genossen Abbe und Zeiss die in ihrer Optischen Werkstätte so dringend benötigten neuen Gläser und trug damit maßgeblich zum weltweiten Erfolg des Unternehmens Carl Zeiss und der deutschen optischen Industrie bei.
Mit dem Borosilicatglas gelang Otto SCHOTT eine weitere epochale Erfindung. Widerstandsfähig gegen Säuren und Laugen sowie extrem beständig gegen Hitze und schroffe Temperaturwechsel war das neue Glas prädestiniert für die verschiedensten Anwendungen in der Technik. Zunächst stellte SCHOTT damit Thermometerglas, Laborglas und Lampenzylinder her. Später kamen Flachgläser, Röhren als Vorprodukt für pharmazeutische Packmittel hinzu sowie Ampullen und Spritzen selbst, darüber hinaus Hauswirtschaftsglas mit dem bekannten Markennamen Jenaer Glas.
Die rasant steigende Nachfrage für die Gasglühlicht-Zylinder brachte den ersten großen wirtschaftlichen Erfolg für SCHOTT. Mit der Massenproduktion der Lampenzylinder wandelte sich das Glastechnische Laboratorium innerhalb weniger Jahre zum Industrieunternehmen. Bereits 1900 betrug der Exportanteil 50 Prozent vom Umsatz, und schon bald gab es kaum ein Gebiet der Naturwissenschaften, Medizin und Industrie, das sich die optischen und technischen Spezialgläser aus Jena nicht zu Nutze machte.
1891 erhielt das SCHOTT Werk eine besondere Unternehmensform. Damals machte Ernst Abbe die von ihm zwei Jahre zuvor gegründete Carl-Zeiss-Stiftung zur alleinigen Eigentümerin des Zeiss-Werks und zur Teilhaberin des SCHOTT-Werks. Als Otto SCHOTT 1919 seine Geschäftsanteile am Glaswerk ebenfalls auf die Stiftung übertrug, war auch das Glaswerk im alleinigen Besitz der Carl-Zeiss-Stiftung. Das Stiftungsstatut von 1896 gewährte den Mitarbeitern soziale Rechte, die für die damalige Zeit außergewöhnlich waren. Auf dieser Basis entwickelte sich bei SCHOTT eine Unternehmenskultur, die von einem breiten Konsens zwischen Unternehmensleitung und Mitarbeitern geprägt war und ist.
Seit 1927 stand das Jenaer Glaswerk unter Leitung von Erich SCHOTT, dem Sohn des Firmengründers. Das Ende des Zweiten Weltkrieges brachte für das Unternehmen einen tiefen Einschnitt. Um das Know-how für den Westen zu sichern, nahmen amerikanische Truppen im Juni 1945 die Geschäftsleitung und ausgewählte Spezialisten mit in den Westen Deutschlands. Dieser Zug der 41 Glasmacher führte zunächst an süddeutsche Standorte und endete schließlich 1952 in Mainz. Nach der Enteignung des Stammwerkes in Jena bauten die 41 Glasmacher unter Leitung von Erich SCHOTT in Mainz ein neues modernes Hauptwerk auf und führten das Stiftungsunternehmen dort weiter.
Wie Deutschland war nun auch das Unternehmen SCHOTT geteilt. Der jetzt volkseigene Betrieb in Jena war in die sozialistische Planwirtschaft der DDR eingebunden und einer der wichtigsten Spezialglaslieferanten Osteuropas. Im Westen baute SCHOTT von Mainz aus eine internationale Firmengruppe mit Produktions- und Vertriebsstätten in Europa, Amerika und Asien auf. Mit neuen Produkten wie z.B. Glaskomponenten für Fernsehgeräte, Glasfasern für Licht- und Bildleiter, ZERODUR Glaskeramik-Spiegelträger für Weltraumteleskope, Glaskeramik-Kochflächen der Marke SCHOTT CERAN und Spezialglasröhren für solarthermische Kraftwerke mit Parabolrinnentechnologie sowie Innovationen bei den traditionellen Produkten eroberte SCHOTT als einer der führenden Spezialglashersteller die Märkte der Welt.
Die staatliche Wiedervereinigung Deutschlands nutzte SCHOTT auch zur Wiedervereinigung der beiden Unternehmen in West und Ost. Das alte Stammhaus in Jena wurde restrukturiert und als moderner Standort in die SCHOTT Gruppe eingegliedert.
Ausgelöst von der zunehmenden Globalisierung der Weltwirtschaft hat SCHOTT seit der Jahrtausendwende den größten Modernisierungsprozess seiner Firmengeschichte vollzogen. Dazu gehörte die Umwandlung des Stiftungsunternehmens in eine rechtlich eigenständige, nicht börsennotierte Aktiengesellschaft (2004), der Wandel von einer Gruppe mittelständisch geprägter Unternehmen zu einem strategisch geführten Konzern, der Ausbau der weltweiten Präsenz mit neuen Produktions- und Vertriebsstandorten in allen wichtigen Märkten sowie die Fokussierung auf starke Kerngeschäfte und aussichtsreiche Zukunftsgeschäfte.
Technologische Kompetenz und Innovationskraft, kontinuierliche Internationalisierung und die Wahrnehmung von Verantwortung für Mitarbeiter und Gesellschaft sind die durchgängigen Konstanten der SCHOTT Geschichte.